Las raÃces de Stonington se remontan a 1649, cuando a Thomas Stanton y William Chesebrough se les otorgaron tierras aquÃ, y el pueblo se estableció oficialmente. En 1662, se emitió la primera carta colonial, que resolvió antiguas disputas sobre su afiliación al estado. La carta consolidó la posición de Stonington dentro de los lÃmites de Connecticut, y en 1666, Mystic se convirtió en parte del pueblo, sentando las bases de las fronteras que conocemos hoy, que se extienden diez millas desde el mar hasta el rÃo Pawcatuck.